Пофайлово по мере использования. Но файлы проверяются в зависимости от настроек на изменения, так что придется отключить проверку чтобы приблизиться к Phalcon, хотя даже это не позволит достичь некоторых оптимизаций, которые возможны в Phalcon.
Вся суть в том, что PHP фактически не является интерпретируемым языком. Перед непосредственно выполнением выполняется компиляция (там несколько этапов, но не суть), и вот результаты этой компиляции, опкоды, кэшируются. Это позволяет не компилировать код заново при новом запросе от пользователя, и существенно уменьшает время запуска если нет тяжелых вычислений.
Если же у вас идут тяжелые расчёты, то данный вид кэширования не изменит картину существенным образом. То есть это далеко не серебряная пуля.
