Это отдельные приложения, они полностью абстрактны и не знают о существовании друг друга. В это м и смысл.
Тот список, что Вы привели - это advanced шаблон, есть basic шаблон, так 1 приложение, но yii не ограничивает Вас. Вы можете сделать свой шаблон.
Поэтому все расширения которые Вы пишите, должны подключаться в конфиге того или иного app и работать не зависимо от наличия других app.
