По-видимому, в качестве сервера вашего приложения работает именно app.js,
именно он ловит все запросы и именно в нём должна быть логика распределения запросов, вида /controllers/controllers/*
по контроллерам.
Все остальные скрипты (модели, контроллеры и т.п.…) — это подключаемые модули, они не работаю напрямую на сервере (если это не настроено отдельно).