Структура хороша для sharedHosting и/или если не использовать на сервере composer. Если Вы с сервером на "ТЫ", и проект имеет контроль версий через git, вы используете composer, то проще конечно использовать структуру из коробки.
Хотя можете создать свой скелет, со своим enviroments и сделать так как Вы сделали. Advanced шаблон - это шаблон. Yii подразумевает, что Вы можете сделать свой шаблон, с любой архитектурой.
Видео которое Вы смотрели, как и другие на моем канале, это толчок, а не истина в последней инстанции. Так что думайте самостоятельно исходя из нужд каждого конкретного проекта. Я же пишу для начинающих, так что многие вещи осмысленно упрощаю.