как вариант просто выравниваешь не child элемент, а child child'a
https://jsfiddle.net/0qsbmLsf/1/
т.е. если задал блоку rotate - его child - нужно выровнять. но внутри него ты нормально ничего не выравняешь. потому что на него действует rotate родителя.
а вот уже child внутри child'a ты можешь выровнять - потому что на него rotate уже не действует.