Добрый день.
require(__DIR__ . '/../yii2/vendor/autoload.php');
require(__DIR__ . '/../yii2/vendor/yiisoft/yii2/Yii.php');
require(__DIR__ . '/../yii2/common/config/bootstrap.php');
require(__DIR__ . '/../yii2/frontend/config/bootstrap.php');
$config = yii\helpers\ArrayHelper::merge(
require(__DIR__ . '/../yii2/common/config/main.php'),
require(__DIR__ . '/../yii2/common/config/main-local.php'),
require(__DIR__ . '/../yii2/frontend/config/main.php'),
require(__DIR__ . '/../yii2/frontend/config/main-local.php')
);
Это в том случае, если Вы остальные директории и файлы поместили в директорию yii2, если оставили как есть - уберите yii2