DTX: да почему?) У вас же не просто так скролл пропадает, срабатывает какое-то событие . В данном случае - клик на кнопку. Затем удаляется класс/происходит какая-то трансформация/... , что и убирает блок и скролл. Как раз в этот момент и должен подставляться класс с padding-ом .
Егор Живагин: так не факт, что после удаления контента скролл исчезнет. На простом сайте может ещё можно что-то придумать, а на сайте средней сложности уже навряд ли. Многое ещё зависит от размера окна, масштабирования и прочего.