Заметил что в /etc/apache2/mods-available/ (Apache v.2.2.22, Debian 7)
нет модуля mod_rewrite.
Он теперь интегрирован в Apache?
Если да, то с какой версии и какие ещё модули были интегрированы в Apache?
Нет, не интегрирован. В пакете идёт файлик /etc/apache2/mods-available/rewrite.load (пруф)
Если у вас его нет, то вероятно файлик удалили и подключили модуль в каком-то более внезапном месте.