Через стандартный почтовый шаблон после заказа приходят параметры.
Скидка реализована через правила работы с корзиной. В стандартных компонентах шаблона письма и доступных полях нет свойства "Скидка" которое берется из правил работы с корзиной.
Пока нашел только массив в котором содержится значение скидки: DISCOUNT_PRICE_ALL