По мере освоения Jenkins и деплоимента я понял что он гораздо лучше ручного режима. Сейчас я пробую на тестовом репозитории, но в будущем хочу освоить работу с Magento 2 и другими типа yii2 и symfony 3.
Мне не понятна такая вещь. В magento 2 есть модули. Иногда перед заливкой новой версии нужно выключить модуль (потому что удален, например). А после заливки включить новые модули или сделать что-то такое что не вписывается в список постоянных команд в разделе Deploy.