command.com (cmd.exe) по умолчанию не имеет иконки в трее, сворачивается только на панель задач.
Можно (а вы это вряд ли умеете в нужном объеме,иначе б вопроса не возникло) напрограммить на powershell с использованием .net классов какую-то реализацию, но, это очень странное решение, тем более что есть (гуглятся) решения, умеющие любую программу сворачивать в трей.
