потому-что сначала обрабатывается анимация в mouseup, а потом анимация в .on('click')
если хочешь ускорить и оставить без изменений то добавь в условие к mouseup - div.hasClass('active'), чтобы получить
if (!div.is(e.target) && div.has(e.target).length === 0 && div.hasClass('active'))