Обычно автолоад это класс. Но функции тоже могут быть в мвц, это не нарушает "правильность" кода, просто соответственно выносите все в один файл, подключаете допустим в бутстрапе или индексе, плодить их просто так и пихать куда попало не нужно, тогда все будет ок в плане структуры и аккуратности.
