1) Да, склеить, причём было бы лучше вместе с фоном, имхо. Но если совсем хочется отдельными элементами делать, то каждому:
position: absolute;
left: 50%;
top: 50%;
transform: translate(-50%, -50%);
Отдельно красному шарику меняете значение transform под нужный вам сдвиг. (Вообще это дедовский метод центрирования). Какой-то адаптив будет.
2) Уже сказали про wrap. Вообще, проверьте свой масштаб браузера, у меня порядок вроде
3) Нет. Обычно она либо просто "плавает", мол, "можно проскролить вниз там что-то есть" или при клике скроллит на следующий экран (секцию).
4) Слева внизу эт где? Не нашёл