Поищите сколько скриптов завязаны на питон2
Подумайте, хотите ли вы их все переписать на питон3, перед тем как сделать питон3 питоном по-умолчанию
Для использования в скрипте питона3 достаточно в шебанге указать
#!/usr/bin/env python3
В случае использования фреймворков или написание проекта, у которого есть зависимости? создают virtualenv
https://docs.python.org/3/library/venv.html