Скорее всего, у вас остаются невыбранные данные после выполненных запросов. Сделайте после всех SELECT-запросов mysqli_free_result($res).
Автоматически соединение может не закрываться, если PHP работает с использованием persistent_connections (а также, возможно, в режиме FastCGI, но точно не уверен, нужно документацию смотреть).