Это-же просто:
// вот ваш массив
$array = [
[
"id" => 1,
"created" => "2016-11",
"unique" => 0
],
[
"id" => 2,
"created" => "2016-12",
"unique" => 0
],
[
"id" => 3,
"created" => "2016-10",
"unique" => 0
]
];
// если есть что-то в массиве
if (count($array) > 0)
{
// индекс минимального элемента, перед поиском будет первым
$min = 0;
foreach($array as $id => $row)
{
// если дата текущего элемента меньше даты элемента под номером $min, то пишем в $min пишем номер текущего элемента
if (strtotime($row["created"]) < strtotime($array[$min]["created"]))
{
$min = $id;
}
}
// устанавливаем unique = 1 элементу под номером $min
$array[$min]["unique"] = 1;
}
print_r($array);