Все зависимости описать в package.json.
node_modules в svn  хранить не надо, для этого же и есть package.json
По идее после npm i , все должно нормально стать локально. Если есть модули которые надо ставить глобально (вижу что protractor один из таких), то их вынести так:
"scripts": {
  "preinstall": "npm i -g protractor"
}