Я уверен, что вы идете неправильным путем, так urlencode был придуман именно для того, чтобы не возникало подобных коллизий, но все же попробую помочь.
В .htaccess или в настройках vurtual host'а добавьте:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
... это перенаправит все запросы на index.php.
Ну и в самом index.php уже анализируйте переменную $_SERVER['REQUEST_URI'] и указывайте, какой файл подключать/отдавать.