Все правильно, содержимое папки vendor не переносят. Переносят только непосредственно сам проект, саму бизнес логику. Все зависимости, также как и все динамические медиа файлы, логи и тп, не переносятся.
Для удобного переноса проекта на сервер используют системы контроля версий, которые сами следят в том числе и за "лишними" файлами/директориями, и не переносят их.
В принципе, никто вам не запрещает перенести весь проект целиком, и обновлять по старинке, затирая старые файлы.