Так у вас уже есть решение, только вы его не используете.
В зависимости от масштаба возвращаете группы и единичные метки.
Маштаб поменялся, подгружаете для фрагмента карты новые группы и единичные метки.
Сейчас за вас группировку делает "яндекс карта"