mysqldump дампит как ему вздумается. Иногда базу полностью, иногда только первые таблицы. Причем это не зависит от БД, одну и ту же БД он первый раз дампит половину и сразу после повторного запуска - уже полностью.
Базы не большие по ~10Mb/
/usr/local/bin/mysqldump --user='example' --password='123456' 'example.com' | /usr/bin/bzip2 > /home/backup/phpbu/backup/example.sql.bz2