Почему бы не сделать это через JavaScript? Ищем в сообщении шаблон вида "@буквы", если то, что после "@" есть в списке пользователей, который можно например, закэшировать в браузере или запрашивать через AJAX - меняем "это" на соотв. ссылку или то, что на нужно.
Вариант 2: Парсим сообщение на сервере, в поисках шаблона "@буквы" (можно через регулярку), если пользователь есть в базе - заменяем на соотв. код (ссылка, выделение и т.д.).
Так на вскидку, первый вариант подойдёт для выделения личных сообщений, второй - для того, что бы имена выделялись вообще, как таковые (как например, на тут, на Тостере).