Как это делал я:
1) Сделал в базе поле пароля Nullable
2) Создал временное поле в БД password_md5
3) Во время авторизации авторизировал пользователя через связку username / password, если авторизация не прошла - username / password_md5.
4) Если связка username / password_md5 прошла, при этом поле password пустое - задавал полю password bcrypt значение введенного пароля
В течении нескольких месяцев база практически полностью наполнилась реальными паролями в bcrypt. Осталось несколько десятков неактивных юзеров, которым была выслана просьба поменять пароль, с отдельной страничкой, проверяющей старый пароль по полю password_md5 и задающей новый password.
Вот таким вот образом была мигрирована старая база. Извращение, но иначе - никак.
Удачи, надеюсь помог :)