Создавая новый проект, я использую команду composer create-project --prefer-dist yiisoft/yii2-app-basic.
После этого приходится удалять ненужные папки и файлы, добавлять свои файлы.
Можно ли клонировать yii-app-basic, изменить его и создавать новый проект уже через измененный скелет? А что делать, когда yii обновится? Как вы поступаете?
Обновления влияют только на папку vendor в ней ничего менять и удалять нельзя. На остальное обновление не повлияет.
Собрать свой скелет можно без проблем. Для этого и существует composer.
Судя по вопросу Вам сильно не хватает знаний по composer, читать все: https://yandex.ru/search/?text=composer&clid=22369...
до момента просветления
Павел Гоголинский: При установке устанавливается скелет yii-basic или advanced в том числе и framework yii (в папку vendor) и его зависимости (в папку vendor) при запуске update обновляются framework yii (в папке vendor) и его зависимости (в папке vendor)