Border по методологии БЭМ тоже выносить в модификатор?
Блок не должен влиять на свое окружение, т. е. блоку не следует задавать внешнюю геометрию (в виде отступов, границ, влияющих на размеры) и позиционирование.
Это цитата из методологии.
Понять не могу, границы ( border ) тоже выносить в модификатор?
Зависит от блока и box-sizing, вообще позиционирование в модификатор лучше не выносить, для нужного расположения блоков на странице используйте элементы обертки родительского блока или миксы.