Очевидно об этом нужно спросить того, кто будет встраивать это дело на боевом сервере.
Если шаблонизация писем происходит на серверной стороне, то единый файл удобнее для понимания структуры. Если код писем без шаблонизации будет вставляться "as is", то второй вариант, само собой, удобнее.