В данном случае потеря подсветки синтаксиса произошла из-за того, что проект по структуре не соответствует общепринятой,
src
main
java
// сорсы на других языках
test
java
// тесты на других языках
И решить это не изменяя структуру, можно пометив src (в Вашем случае) как Sources Root.
контекстное меню на директории -> Mark Directory as -> Sources Root