foreach($ids as $id) {
//алгоритм поиска всех родителей для одного элемента $id массива $ids
}
Если ваш алгоритм поиска родителей оптимален, то это самый очевидный выход. Ну или приведите структуру категорий
Если же вам надо сформировать дерево, то лучше все же делать это от родителя к детям.