1. Странно, я до этого не встречал, чтобы node был разной версии в разных директориях. Давайте здесь поподробнее со скринами посмотрим.
2 и 3 - предлагаю полностью
удалить node, а затем установить себе
NVM, и когда он установится через него установить последнюю и другие нужные версии node, если будет нужно (обычно хватает последней, но для старых проектов может потребоваться иная).
4 - просто копируете конфиг вебпака из проекта в проекти пилите. Потом, например, вам приходит мысль: так, у этих пяти проектов были общие файлы такие-то, общая структура папок и вот такой параметр в конфиге. Как мне это обобщить? Как вынести в отдельную директорию, из которой я потом буду просто копировать готовый шаблон? (обычно нужно просто скопировать ;) ). Когда у вас будет готовый шаблон, вы приобщитесь к миру с возгласом: у меня есть свой boilerplate. Тогда можете глянуть на чужие (гуглите webpack boilerplate), но не берите сразу чужой просто так, а разберите по кусочкам.
p.s. мне еще ниразу не пригодилось брать "просто для верстки" webpack. Для этих целей использую gulp + browserify, а когда пишу на реакте - webpack.
p.p.s.
что почитать? В кратце в гугле поищите следующее: что такое node.js, как npm с ним связан, что происходит когда вы выполняете npm install, как работает секция scripts в package.json.