смысл сборки собрать всё в один файл. В большинстве случаев по крайней мере.
Чтобы не терроризировать сервер запросами, а так же чтобы не было никаких мельканий при загрузке доп. стилей.
И в целом время загрузки сокращается за счет уменьшения количества http запросов.
Модули-то вам никто не мешает
делать разные в разных файлах, но собирать в один полезно и нужно. Если там конечно не на 10 мегабайт JS скриптов.
Тогда надо отдельно собирать уже по "необходимости" и функциональности:
https://laravel.com/docs/5.3/elixir#working-with-s...elixir(function(mix) {
mix.scripts(['app.js', 'controllers.js'], 'public/js/app.js')
.scripts(['forum.js', 'threads.js'], 'public/js/forum.js');
});