Если js находится шаблоне(например в футере), то так:
<script>
var myHtml = '<?php echo do_shortcode('[samShortCode id="69" title="Mambuda"]');?>';
console.log(myHtml);
</script>
Если js в отдельном файле, то чуть сложнее и делается через ajax. Могу написать отдельно.