Самый простой вариант при запуске указать файл в который будет выводиться вся информация выводимая программой :
java ClassName > a.txt
Или настроить вывод в коде:
System.setOut(new PrintStream(new FileOutputStream(fileName)));
Но гораздо лучше выбрать одну из библеотек логирования
Log4J, LogBack и т.д. или встроенную по умолчанию в java
java.util.logging - разобраться в них и настроить под себя.