Чего тут выдумывать? Запускаете два процесса ноды и все.
node first_app.js
node second_app.js
Ну с pm2, насколько понимаю, node на pm2 start надо просто заменить.
У вас запустятся два разных процесса. Операционка сама их по разным ядрам раскидает при возможности и необходимости.