innodb - это MVCC.
Чтобы узнать, сколько строк в таблице - нужно узнать, какие версии строк может видеть эта транзакция. Без вычитывания всех подходящий строк ответ не получить. Разумеется, быстро это работать не будет.
Поэтому данные в information_schema - приблизительная оценка всегда.
Уменьшайте объём данных. Например, если вы растёте по шкале времени, то стройте аггрегаты по времени заранее. Например, по дням и часам. Текущий час s/вычитывать count'ом/инкрементить в каком-нибудь редисе или мемкеше вместе с insert'ами/g,, потом пересчитывать и сохранять к другим аггрегатам.