Использовал я Angularjs 1.0.8 и там не все работало что я пробовал, поставил 1.5.8 и у меня заработал ng-if, а так же я смог писать условия в ng-change. Я использовал "Тернарную условную операцию" для условий в ng-change.
Вот что получилось :
<input type="checkbox" ng-model='uoper' ng-true-value="1" ng-false-value="0" ng-change="one=two=(uoper==1)?undefined:undefined" /> Снять <br>
<span ng-show="!uoper">
<input type="checkbox" ng-model='one' /> Первый<br>
<input type="checkbox" ng-model='two' /> Второй <br>
</span>
one=two=(uoper==1)?undefined:undefined здесь я присвоил one и two undefined в обоих случая, таким образом я снимаю галочку и очищаю модель, а уже в span я скрываю 2 checkbox когда стоит галочка на 'Снять'
Как то так