Здравствуйте!
Сделал новую папку для кэша запросов mysql - /var/lib/mysql/tmp.
Файлы создаются, но почему то сразу же удаляются, каков принцип работы и можно ли отключить это автоматическое удаление?
Это не кеш запросов, а временные таблицы, они и должны удаляться., т. к. конечный результат будет сохранён (если не превысит лимиты, конечно) в кеше запросов, который целиком в памяти.