1. Назначить для каждого select'a свой id, и по нему подключать плагины.
2. Подключать плагин chosen к результату только после его определения, чтобы он получал актуальное состояние select'a.
3. Обновлять chosen при каждом изменении результатов.
Если плагины совместимы, то должно заработать.