Столбцы отдельно не индексируются, но запросы по условию с первым из указанных столбцов могут использовать составной индекс.
Несколько примеров:
SELECT `id` FROM `table` WHERE `col1` = 1;
Будет использовать индекс
SELECT `id` FROM `table` WHERE `col1` = 1 AND `col2` = 1;
Тоже будет использовать индекс
SELECT `id` FROM `table` WHERE `col2` = 1;
Индекс не будет использован.
SELECT `id` FROM `table` WHERE `col1` = 1 OR `col2` = 1;
А в этом запросе индекс хоть и будет использован, но только для col1. Для col2 - полный просмотр таблицы.
SELECT `id` FROM `table` WHERE `col1` = 1 ORDER BY `col2`;
Индекс будет использован для WHERE, но не будет для ORDER BY.