Не совсем понятен вопрос:
1. Что означает "делать область прозрачной"? Вот, я навожу мышку на изображение и пиксели под курсором исчезают. Это называется - сделать прозрачным. Или я навожу мышку, и область под мышкой становится полупрозрачной. Это другое.
2. Для чего оно надо? Это визуальный эффект или изображение после такого "вытирания" надо сохранить?
3. О какой области идёт речь? Это небольшой круг под курсором? Это многоугольник на изображении?
4. Какая стоит задача? Если необходимо просто навесить свистоперделку на курсор, то не факт что что-то надо делать прозрачным.