ajax
Я сам делаю, что - то подобное, просто для того что бы понять как оно делается, можно сказать ради приобретения опыта. Правда это все на laravel работать будет.
По большему счету тебе нужно при открытии popup окна с помощью ajax посылать запрос на сервер(файл на сервере или url, а роутер уже перенаправит запрос куда нужно). Дальше читаешь нужную директорию/директории. Думаю здесь будет уместна рекурсия и после того как все прочитал отправляешь назад результат в удобном формате, можно в json и дальше уже работаешь с результатами запроса при помощи js. К слову, для меня как для серверного разработчика будет очень сложно работать с js. Если нет достаточных познаний в js, то я сомневаюсь, что ты сможешь написать файловый менеджер. Возможно стоит начать с
изучения js
ну или можно взять готовый, но это не спортивно. Поскольку я только учусь, то просто не мог упустить шанса написать свой велосипед. хотя бы потому что - это интересно да и какой то опыт)