тут конкретно проблема с высотой строки, так как это строчный элемент он всегда имеет какойто line-height, можно его задать равный высоте.
.side-menu ul li:after {
content: '\25A0';
border: 0;
width: 92px;
height: 1px;
line-height: 1px;
vertical-align: top;
text-indent: -2px;
background-color: #000;
-webkit-transform: translate(100%, -10px);
transform: translate(100%, -10px);
display: block;
}
но все равно это плохое решение, нельзя опираться на поведение таких элементов, лучше через before сделать квадрат.
вот быстрый
пример