Ну можно попробовать схитрить. Если элементы формы как то оформлены красиво через плагин, по должно быть так: сам чекбокс скрыт, а поверх него идет оформленный div. Так к чекбоксу можно добавить атрибут readonly.
Что это даст: Бот будет пытаться изменить состояние чекбокса, а readonly - не даст это сделать. Если пользователь захочет изменить состояние чекбокса, то скрипт сделает свое дело.
Простой
