В jQuery есть специальный метод
.offset() для получения координат элемента относительно документа. Чтобы получить расстояние от верха страницы до шапки используйте вот такой код:
$('<селектор шапки>').offset().top
На чистом Javascript всё немного сложнее. Сначала нужно получить координаты объекта на странице с помощью
getBoundingClientRect() а после этого прибавить к этим координатам значение скроллинга. Вот функция, которая работает аналогично jQuery.offset() (взято
здесь):
function offset(el) {
var rect = el.getBoundingClientRect(),
scrollLeft = window.pageXOffset || document.documentElement.scrollLeft,
scrollTop = window.pageYOffset || document.documentElement.scrollTop;
return { top: rect.top + scrollTop, left: rect.left + scrollLeft }
}