В index.php темы проверяете существование модулей в определенной позиции при помощи функции $this->countModules('position'). Далее, если модули есть, устанавливаете body определенный класс, на основании которого в css будете скрывать \ показывать этот div.
Либо, на основании вышеупомянутого условия, прямо в index.php определяйте, выводить div или нет.
if($this->countModules('position')) :
// тут выводите нужный html, если модули есть
endif;