Не возникнет ли проблем?
На самом деле это абсолютно нормально, если все папки защитить с помощью deny from all, то никаких проблем не возникнет, поэтому если работаете непосредственно с заказчиком - делайте, что хотите, а если проект дешевый, то безопасность вообще должна оплачиваться отдельно, но некоторые "синьоры" и т.п. "растерзали" бы меня за такие слова.