Как можно реализовать, на сайте что бы www.site.loc/admin был на отдельном поддомене www.admin.site.loc , www.site.loc/user был на отдельном поддомене www.user.site.loc ? Так же что бы cookie cохранялись и admin мог заходить с разных поддоменов.
Создаете поддомен, кладете туда index.php стандартный и правите пути.
Правильнее всего сделать это на advanced шаблоне. Тогда пути будут вести в папку backend к его конфигам. Если все правильно сделано, то yii "все равно" на домен в пределах одного приложения, в данном случае "backend".