Станислав Силин: когда вы "клацали" свой файл в вашем файловом менеджере, он выбирал "программу по умолчанию" для таких файлов - это mono. Из консоли такой фокус сам по себе не случится
Ivan Bogachev - а если на сторону передать программу нужно? И как можно настроить компиляцию, чтобы и под Windows и под Linux программы выходили? Вроде как о кроссплатформенности подумалось ...
Андрей Титов: По поводу работоспособности Linux->Windows: теоретически должно работать без пересборки вашего кода, практически - стоит протестировать перед передачей на сторону, могут появиться небольшие баги при переносе с одной платформы на другую.
По поводу распространения своей программы: хорошей идеей будет сделать две ее версии - первая под Windows (с установщиком, который проверяет наличие .NET Framewotk`а), вторая под Linux (в виде пакета с зависимостью на mono-runtime, который при установке сделает конечному пользователю .desktop-файл и даст ему возможность запускать вашу программу по "клику на иконку")