При инициализации карты указываете какие элементы нужно показывать, например
myMap = new ymaps.Map("map", {
bounds: coord,
controls: ['zoomControl']
})
Список всех элементов
есть тут (смотреть в меню, в разделе control), там же сказано как их показывать и скрывать "на лету", без переинициализации карты.