Есть несколько вариантов реализации:
- Хранить несколько наборов префабов разных цветов, перед инстанцированием выбирать нужный из списка.
- Инстанцировать префабы-пустышки, брать настройки из списка и настраивать.
Если у вас объекты сложные в настройке, а отличаются только цветом, то лучше идти по второму пути. Цвет менять можно множеством способов: подменять
спрайт или
цвет в
SpriteRenderer, вешать разные материалы, крутить цвет в шейдере и т. п. Задача сводится к тому, чтобы получить ссылку на изменяемый объект в управляющем скрипте и подменить нужную переменную.
P. S. Кликаете правой кнопкой по заголовку компонента, копируете

Кликаете по компоненту на другом объекте, вставляете